Joker Helix, l’un des six généraux galactiques, a attaqué Mother Ether. L’Edens Zero, bien qu’il doive faire face à ses attaques de manipulation temporelle, parvient à se sortir de ce mauvais pas grâce aux connaissances du vieux Wise et à l’ingéniosité de Rebecca. La route vers Mother s’ouvre enfin ! Mais, à peine Shiki et son équipage ont pénétré dans un autre cosmos qu’ils sont assaillis par une horde de dragons menée par God Akunera et les Quatre Étoiles noires du Grand Démon ! 
L’objectif de nos héros est enfin à portée de vaisseau mais le chemin est encore semé d’embûches et d’ennemis !