Japon, vers l'an 400. Le royaume s'embrase. La révolte gronde chez les chefs de clans locaux, opposés aux maîtres du pays, la dynastie Yamato. Pour réprimer la rébellion, une armée est envoyée par le roi avec à sa tête son propre fils, Yamato Takeru. Cependant, les troupes comme le prince subissent une lourde défaite dans leur périple vers l'ouest. Le jeune homme ne doit son salut qu'à l'intervention d'un étrange combattant, Kamuya Ride, qui s'attaque à ce qui semble être la source de la dissidence : d'anciennes divinités soudain revenues des limbes. Yamato Takeru découvre que derrière les complots se cachent les dieux des différentes provinces du Japon, endormis depuis le début du règne des hommes. C'est donc l'équilibre du royaume tout entier qui est menacé...