Afin de libérer Harmit, la troisième Étoile brillante du Grand Démon, l'équipage de l'Edens Zero fait un plongeon numérique sur Digitalis, la planète super virtuelle. Ils découvrent alors qu'ils sont tombés au coeur d'un monde à la merci d'un tueur en série très cruel ! Pour ne rien arranger, la trahison d'un compagnon les place face à un nouvel ennemi... Dans un environnement des plus hostile, Shiki et ses amis vont devoir se surpasser pour sauver l'âme d'Harmit, très affectée par des actes malveillants !