Grâce au système IcoCar qui lui permet de falsifier ses coordonnées sur le SuikaNet, la dirigeante de l'Alliance des Resquilleurs, Keiha Nijo, échappe aux autocontrôleurs depuis des années. C'est elle qui raconte à Hirito l'histoire de la Conscience JR Unifiée, un réseau d'intelligence artificielle gigantesque conçu pendant la Guerre de l'Hiver, avant l'expansion de la gare de Yokohama. Pendant ce temps, de l'autre côté du détroit de Kanmon, la JR Fukuoka lutte pour empêcher la gare de pénétrer sur l'île de Kyûshû. Toshiru Kubo, ingénieur, réussit à s'emparer d'un fusil pour se rendre en secret sur l'île de Shikoku. Intrigué par les rumeurs d'un fantôme d'une petite fille dans une station de recharge, il s'y rend mais...