Nos détectives continuent leurs recherches sur l'affaire du meurtre de la petite Kaeru et plongent à répétition dans le puits, où le chaos règne toujours. Hondômachi vit sa première mort en tant que Hijiriido, et nous en apprenons davantage sur la fonction de grand détective, ainsi que sur le fonctionnement des puits en eux-mêmes. Pendant ce temps, la criminelle aux tendances suicidaires, ayant été enlevée par ses complices, est toujours recherchée activement. Mais que cache cette affaire de meurtre qui semble être impossible à résoudre ? Qu'adviendra-t-il de nos personnages ? En découvrirons-nous plus sur l'essence de ce monde ? C'est ce que nous allons découvrir dans ce troisième et dernier volume de ID: Invaded.