Spotty, 17 ans, travaille comme commis pour une compagnie d'assurance de bateaux à Londres. Il découvre que son supérieur, Basil, est obsédé par les naufrages depuis que son amour d'adolescence, Elsie, un amour fou et éternel, s'est embarquée clandestinement sur la Mary-Céleste , une goélette qui faisait le voyage de New-York à Londres. Il décide de l'aider à la retrouver.
Or ce bateau, qui a vraiment existé, est un des plus grands mystères de l'histoire maritime : on l'a retrouvé, 12 ans avant notre histoire, voguant toutes voiles dehors au large des Açores, mais sans aucun passager à bords !
Un jour, un vieux marin débarque dans le bureau de nos deux héros avec une bouteille qui contiendrait le journal d'une passagère de ce bateau... Mais il refuse de leur céder et quand ils parviennent à mettre la main dessus, ils se le font violemment dérober par une bande de gamins des rues.
Le roman alterne entre l'enquête de nos deux jeunes hommes dans les bas-fonds de Londres, le journal de bord d'Elsie jusqu'au naufrage, et les souvenirs de la passion adolescente entre les deux amoureux, un amour impossible et déchirant entre une riche héritière à la Downtown Abbey et un fils d'épicier. Jusqu'à une résolution bouleversante.